Zdobycie III nagrody na II Ogólnopolskim Konkursie Dyrygentów im. Grzegorza Fitelberga w Katowicach w 1974 roku umożliwiło jej debiut za pulpitem dyrygenckim Opery Śląskiej w Bytomiu. W roku 1975 uzyskała wyróżnienie na Międzynarodowym Seminarium Muzycznym w Weimarze prowadzonym przez Igora Markevicha, a w roku następnym doskonaliła swoje umiejętności pod jego kierunkiem w Saint-Cézaire we Francji.
W latach 1978 - 1982 była dyrygentem Opery Krakowskiej (dyrygowała tam między innymi: Carmen Bizeta, Wolnego strzelca Webera, Halkę i Straszny dwór Moniuszki, Księżniczkę czardasza Kalmana). Pełniła też funkcję wykładowcy w PWSM w Katowicach i Krakowie.
Rok 1979/1980 Agnieszka Kreiner spędziła w Wiedniu jako stypendystka rządu austriackiego, uzyskując dyplom ukończenia Hochschule fűr Musik und Darstellende Kunst w klasie prof. Otmara Suitnera i dyrygując koncertem dyplomowym w Złotej Sali Musikverein.
W latach 1982 - 1992 była dyrygentem Teatru Wielkiego w Warszawie, realizując między innymi prapremiery: Bramy raju Joanny Bruzdowicz i Historyję o św. Katarzynie Romualda Twardowskiego oraz premiery: Bal kadetów Jana Straussa, Pan Twardowski Ludomira Różyckiego, Historia żołnierza Igora Strawińskiego, Paziowie królowej Marysieńki Pawła Dunieckiego. W Teatrze Wielkim dyrygowała ponad 250 spektaklami oper i baletów (wśród nich Wesele Figara, Król Roger, Borys Godunow, Dama pikowa, Uprowadzenie z seraju, Manekiny, Włoszka w Algierze, Córka źle strzeżona).
Po odejściu z Teatru Wielkiego zwróciła się w stronę muzyki symfonicznej, równocześnie kończąc Podyplomowe Studium Menadżerów Kultury przy SGH w Warszawie. W 1994 roku Agnieszka Kreiner została dyrektorem artystycznym Filharmonii Lubelskiej. W ciągu trzech sezonów pełnienia tej funkcji udało jej się doprowadzić do otwarcia nowej sali koncertowej, zainicjować festiwale, wprowadzić do repertuaru orkiestry dzieła Wagnera, Mahlera, Hindemitha, Lutosławskiego, Panufnika, Kilara. Za jej dyrekcji miało miejsce nagranie z Filharmonikami Lubelskimi pierwszej płyty kompaktowej.
Agnieszka Kreiner występowała w wielu miastach Polski (między innymi w Warszawie, Krakowie, Wrocławiu, Bydgoszczy, Jeleniej Górze, Częstochowie, Katowicach, Lublinie, Poznaniu, Rzeszowie) oraz za granicą: w Niemczech, Holandii, Austrii, ówczesnym ZSRR, Luksemburgu, Francji.
Wiosną 2004 roku utworzyła w Zakopanem orkiestrę kameralną Tatrzańska Orkiestra Klimatyczna, której jest managerem i dyrektorem artystycznym. Zespół specjalizuje się w wykonywaniu muzyki kompozytorów związanych z Tatrami i Podhalem. W roku 2004 nagrała wraz z Tatrzańską Orkiestrą Klimatyczną płytę CD Album Tatrzańskie, a w roku 2007 Mieczysław Karłowicz w setną rocznicę śmierci z udziałem Zofii Kilanowicz.
W roku 2006 Agnieszka Kreiner wznowiła współpracę dyrygencką z Operą Śląską w Bytomiu, prowadząc przedstawienia Nabucco, Straszny dwór, Cyrulik Sewilski.
Obok działalności dyrygenckiej zajmuje się edukacją muzyczną. Jest autorką (II wydanie w roku 2009) podręcznika do nauki muzyki dla gimnazjum, podręcznika do szkół podstawowych 21 spotkań z muzyką (2002) oraz podręcznika do audycji muzycznych dla szkół muzycznych (PWM 2006).
W roku 1994 została wyróżniona odznaką Zasłużonego Działacza Kultury.