Intencją pomysłodawców konkursu, którego pierwsza edycja odbyła się w 1994 roku, jest upamiętnienie imienia Patrona Towarzystwa, wybitnego polskiego Kompozytora, organisty, dyrygenta, propagowanie jego bogatej twórczości organowej w Polsce i poza jej granicami, a także promocja młodych talentów, wirtuozów gry na organach. Konkurs jest wydarzeniem wyjątkowym ze względu na osobę Feliksa Nowowiejskiego oraz prestiż – międzynarodowy charakter, znakomite jury, wysokiej klasy instrumenty.
Konkurs odbywa się co pięć lat. Czwarta jego edycja będzie miała miejsce w 2010 roku i zbiegnie się z Jubileuszem 100 rocznicy skomponowania Roty.
Towarzystwo im. Feliksa Nowowiejskiego dba o dalszy rozwój laureatów konkursu: promuje ich, zaprasza do udziału w koncertach i nagraniach CD. Dlatego też chętnie wracają oni do Poznania, miasta, w którym żył i tworzył Feliks Nowowiejski. Laureatami pierwszych nagród poprzednich edycji konkursu byli: Adam Załęski (Polska), Lars Palo (Szwecja), Rostislaw Wygranienko (Ukraina). Udział w Międzynarodowym Konkursie Organowym im. F. Nowowiejskiego to również okazja do chodzenia śladami kompozytora, odwiedzenia miejsc mu bliskich, przede wszystkim jego „Willi Wśród Róż”, w której mieści się obecnie Salon Muzyczny – Muzeum. To także okazja do spotkań z ciekawymi ludźmi, elitą muzyki organowej z całego świata.