Specjalność Muzykologia Teoretyczna i Stosowana Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego (dawniej Akademia Teologii Katolickiej) powstała w roku 1969. Kierownikiem jej został ks. dr hab. Jerzy Pikulik (obecnie funkcję tę sprawuje ks. prof. dr Kazimierz Szymonik). Z biegiem lat w ramach muzykologii zostały utworzone trzy katedry: 1. Źródeł i Analiz Muzyki Dawnej, 2. Systematyki i Kulturologii Muzycznej, pod kierunkiem prof. dr hab. Stanisława Dąbka i 3. Wykonawstwa Muzyki Kościelnej, którą kieruje ks. prof. dr Kazimierz Szymonik.
Działalność muzykologii kościelnej realizuje się w następujących nurtach: badań naukowych nad staropolską kulturą muzyczną, głównie epoki średniowiecza, systematyki muzycznej oraz praktycznym, przygotowującym do pracy dydaktycznej w seminariach duchownych, domach zakonnych, w szkolnictwie, pracy organistowskiej i dyrygenckiej w kościołach. Program zajęć teoretycznych obejmuje zagadnienia z teorii chorału gregoriańskiego (m.in. semiologia gregoriańska, paleologia menzuralna, paleologia chorałowa, kryteria proweniencji rękopisów), historii (historia muzyki średniowiecznej, historia muzyki renesansu i baroku, historia muzyki klasycyzmu, historia muzyki wieku XIX i XX) oraz historii Kościoła uzupełnione przedmiotami ogólnomuzycznymi (harmonia, kontrapunkt, zasady muzyki). Program zajęć praktycznych obejmuje emisję głosu, organy, fortepian, dyrygowanie, akompaniament liturgiczny, ćwiczenia chorału gregoriańskiego, kształcenie słuchu oraz chór.
Studia Specjalności Muzykologia Teoretyczna i Stosowana są studiami stacjonarnymi i trwają 5 lat. Kończą się uzyskaniem tytułu magistra historii w zakresie muzykologii kościelnej.